Sebagai bagian yang sangat fundamental dalam pembentukan kepribadian manusia, pendidikan agama merupakan kunci yang tidak bisa diabaikan karena Pendidikan Agama merupakan salah satu faktor penunjang dalam pendidikan moral. Manusia yang beriman dan bertaqwa kepada Tuhan tidak dapat terwujud secara tiba-tiba, melainkan melalui proses pendidikan yang panjang dan lama. Proses pendidikan itu berlangsung seumur hidup manusia baik di lingkungan keluarga, sekolah, maupun masyarakat. Lingkungan sekolah sendiri merupakan tempat yang baik untuk kita mendalami ilmu agama, karena di lingkungan sekolahlah kita dapat menerima pendidikan yang dapat mempengaruhi perkembangan kepribadian seorang manusia.
Pendidikan agama dalam pendidikan masa kini pun memiliki peranan yang sangat penting dalam pembinaan karakter siswa. Siswa diajarkan untuk berperilaku sesuai dengan ajaran agama yang dianutnya, serta menunjang aspek moral yang nantinya akan dibawa ke dalam lingkungan masyarakat.
Dalam Peraturan Pemerintah Nomor 55 Tahun 2007 tentang pendidikan agama dan pendidikan keagamaan dengan ketentuan umum pasal 1, berisi bahwa Pendidikan agama adalah pendidikan yang memberikan pengetahuan dan membentuk sikap, kepribadian, dan keterampilan peserta didik dalam mengamalkan ajaran agamanya yang dilaksanakan sekurang-kurangnya melalui mata pelajaran/kuliah pada semua jalur, jenjang, dan jenis pendidikan. Oleh karena itu, pendidikan agama di Indonesia dimasukkan ke dalam kurikulum nasional yang wajib diikuti oleh semua peserta didik mulai dari SD sampai dengan Perguruan Tinggi yang bertujuan untuk peserta didik agar menjadi manusia yang beriman dan bertaqwa kepada Tuhan YME, berakhlak mulia, berilmu, kreatif, mandiri, serta bertanggung jawab. Sedangkan Pendidikan keagamaan adalah pendidikan yang mempersiapkan peserta didik untuk dapat menjalankan peranan yang menuntut penguasaan pengetahuan tentang ajaran agama dan/atau menjadi ahli ilmu agama dan mengamalkan ajaran agamanya.
Pendidikan pada hakekatnya merupakan proses pendewasaan manusia menjadi manusia seutuhnya. Manusia seutuhnya meliputi keseluruhan dimensi kehidupan manusia: fisik, psikis, mental/moral, spiritual dan religius. Pendidikan agama di sekolah sebagai salah satu upaya pendewasaan manusia pada dimensi spiritual-religius. Adanya pelajaran agama di sekolah merupakan upaya pemenuhan hakekat manusia sebagai makhluk religius (homo religiousus).
Pelaksanaan pelajaran agama di sekolah selama ini sudah berjalan dengan baik di Indonesia dengan memberlakukan/ memasukkan pelajaran agama dalam kurikulum. Pelajaran Pendidikan Agama merupakan salah satu pelajaran ‘wajib’, harus ada dan diterima oleh para siswa.
Pertama, Pendidikan agama memiliki kedudukan yang penting dalam pendidikan nasional. Pertama, selaras dengan tujuan pendidikan nasional, yaitu: “Pendidikan nasional berfungsi mengembangkan kemampuan dan membentuk watak serta peradaban bangsa yang bermartabat dalam rangka mencerdaskan kehidupan bangsa bertujuan untuk berkembangnya potensi peserta didik agar menjadi manusia yang beriman dan bertakwa kepada Tuhan Yang Maha Esa, berakhlak mulia, sehat, berilmu, cakap, kreatif, mandiri, dan menjadi warga negara yang demokratis serta bertanggung jawab.” (UU 20/2003, tentang Sistim Pendidikan Nasional pasal 3).
Kedua, tentang pengembangan kurikulum : kurikulum disusun sesuai dengan jenjang pendidikan dalam kerangka Negara Kesatuan Republik Indonesia dengan memperhatikan: (a) peningkatan iman dan takwa, (b) peningkatan akhlak mulia, (c) peningkatan potensi, kecerdasan, dan minat peserta didik, (d) keragaman potensi daerah dan lingkungan, (e) tuntutan pengembangan daerah dan nasional, (f) perkembangan ilmu pengetahuan, teknologi dan seni, (g) agama, (h) dinamika perkembangan global, (i) persatuan nasional dan nilai-nilai kebangsaan.” (UU 20/2003, pasal 36) Manusia yang beriman dan bertaqwa kepada Tuhan tidak dapat terwujud secara tiba-tiba, melainkan melalui proses pendidikan yang panjang dan lama. Proses pendidikan itu berlangsung seumur hidup manusia baik di lingkungan keluarga, sekolah, maupun masyarakat. Lingkungan sekolah sendiri merupakan tempat yang baik untuk kita mendalami ilmu agama, karena di lingkungan sekolahlah kita dapat menerima pendidikan yang dapat mempengaruhi perkembangan kepribadian seorang manusia.
Sehingga pada tahun 2016 Yayasan Amanat Raja Kemuliaan yang secara yuridis mendaftarkan pendiriannya melalui kantor Notaris Debora Ratnasari, S.H, Sp.N, di Cirebon dengan Akta Pendirian Yayasan ARK No.24 tanggal 21 Juni 2016, yang kemudian dicatatkan dalam surat Lampiran Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor. AHU-0028202.AH.01.04. Tahun 2016 Tentang Pengesahan Pendirian Badan Hukum Yayasan Amanat Raja Kemuliaan ditetapkan tanggal 23 Juni 2016.
Dari landasan tersebut maka Yayasan mengakuisisi (take over) kelembagaan dari Yayasan Yoshindo yang telah menaungi STT Kerusso Indonesia Bekasi sejak 20012.
Pada tanggal 30 Agustus 2016 Diren Bimas Kristen kementrian agama RI menyetujui dan mensahkan dengan di terbitkannya perpanjangan ijin Penyelenggaraan Program Stratum Satu Program Studi Pendidikan Agama Kristen kepada STT KIN melalui Surat keputusan Dirjen Bimas Kristen Kementerian Agama R.I. Nomor: DJ.IV/Kep/HK.00.5/622/2016, tentang Perpanjangan Ijin Penyelenggaraan, dalam hal ini proses Peralihan Ijin Badan Penyelenggara yang menaungi STT-KIN secara yuridis telah sah/ valid dan berkekuatan hukum tetap.
STT-KIN telah mengantongi ijin Pendirian Institusi Nomor: DJ.II/Kep/HK.00.5/217/2014, dengan Ijin Program S1 Program Studi Pendidikan Agama Kristen (PAK) yang pada saat itu ijin nomor DJ.III/Kep/HK.00.5/380/2010 yang kemudian pada tahun 2014 tengan mengajukan proses perpanjangan ijin penyelenggaraan Prodi nya.
STT-KIN adalah lembaga pelayanan, penginjilan dan pendidikan teologi yang bekerjasama dengan semua gereja (interdenominasi) dan sekolah-sekolah atau lembaga yang memiliki visi pelayanan Kristus. Kemudian dalam perkembangan dan kelanjutan kegiatan pembelajaran di STT-KIN yang beralamat di Jalan Bambu Kuning Selatan, RT. 04/RW.03 Kelurahan Sepanjang Jaya, Kecamatan Rawalumbu Bekasi Jawa Barat. Secara sah yang kemudian pada tanggal 19 Juli 2016 telah disepakatinya sebuah Perjanjian Pengalihan Ijin Operasional dan Pengelolaan STT Kerusso Indonesia dengan Akta Notaris nomor 12 tanggal 19 Juli 2016, melalui kantor Notaris Yudha Setyagraha Tedianto, SH, MM, M.Kn di Bekasi, antara Yayasan Yosafat Indonesia dengan Yayasan Amanat Raja Kemuliaan. Atas sebuah Sekolah Tinggi Teologi (perguruan tinggi) yang beralamat di Jl. Cut Mutia No. 44 Ruko Cut Mutia Blok A2 No 3-5 Kel. Margahayu-Bekasi Timur. Namun setelah proses pengalihan selesai maka peralihan alamat STT-KIN menempati Gedung baru di dalam komplek sekolah Yayasan Mahanaim Gedung Mahkota Lantai 2, & lantai 5-8 berlokasi di Jl. Bambu Kuning Selatan No. 14 RT.04/RW.03 Kelurahan Sepanjang Jaya, Kecamatan Rawalumbu. Bekasi – 17114. Pada tahun 2019 STT-KIN berhasil memperoleh Akreditasi dari BAN-PT. Akreditasi ini merupakan salah satu standar nilai dan kualitas mutu dari lembaga pendidikan yang telah ditetapkan. Nilai akreditasi tersebut dibentuk dalam upaya pemerintahan untuk memberikan standar nilai yang cukup pada kualitas lulusan untuk sebuah perguruan tinggi. Untuk terus meningkatkan pelayanan, saat ini STT KIN memiliki 3 prodi, yaitu S1 PAK, S1 Teologi dan S2 PAK. Sesuai dengan Rencana Induk Pengembangan Tahap Ke-dua tahun 2021-2026 STT KIN terus melakukan perbaikan sesuai dengan tuntutan masa depan, dengan merencanakan untuk mendapatkan pengakuan eksternal dari BAN-PT sebagai PT yang terus berkembang menjadi lebih unggul sejak perailhannya di tahun 2016.